Itämeri-instituutin säätiön ylläpitämän Itämeri-instituutin keskeinen päämäärä on edesauttaa konkreettisten yhteistyöhankkeiden käynnistymistä Itämeren piirissä sekä edistää suomalaisten toimijoiden osallistumista Itämeren alueen yhteistyöhön. Valtakunnallisena verkosto-organisaationa toimiva Itämeri-instituutti ideoi, suunnittelee, käynnistää ja koordinoi kansainvälisiä yhteistyöhankkeita Itämeren alueella niin teollisuuden, kaupan ja muiden palveluelinkeinojen, tutkimuksen, julkisen hallinnon kuin kulttuurinkin aloilla. Itämeri-instituutin keskeiset toimintamuodot ovat projektit, foorumit, tietopalvelut ja koulutus.

Instituutin toiminnan maantieteelliset painopistealueet ovat Pietarin alue, Baltian maat ja Puola, ja sisällön puolesta toiminta painottuu ympäristö- sekä tietoyhteiskunta- ja ICT-alan projekteihin Uudempina keskeisinä projektiteemoina erottuvat myös innovaatioyhteistyö/yrityskehitys sekä yritysten kansainvälistyminen ja viennin edistäminen.

1990-luvulta lähtien Itämeri-instituutti on ollut keskeinen suomalainen toimija Itämeren alueelle syntyneessä kansainvälisessä toimintaverkostossa.