Itämeri-instituutti on verkosto-organisaatio, jonka toimitilat sijaitsevat Tampereella. Instituuttia ylläpitää Tampereen kaupungin perustama Itämeri-instituutin säätiö.

Säätiön hallituksen kokoonpano vuosina 2006-2008:

Varatoimitusjohtaja Kristiina Jaatinen
Tampereen kauppakamari

Professori Seppo Pohjolainen
Tampereen teknillinen yliopisto 

Erikoistutkija Helena Rytövuori-Apunen
Tampereen yliopisto, Rauhan- ja konfliktintutkimuskeskus TAPRI

Senior Advisor Stefan Widomski
Sitran Venäjä-ohjelma

Lähetystöneuvos Tauno Pesola
Ulkoasiainministeriö

Neuvotteleva virkamies Barbro Widing
Kauppa- ja teollisuusministeriö

Kaupunginsihteeri Maria Länsiö
Tampereen kaupunki

Edunvalvontajohtaja Pentti Hämäläinen
Pirkanmaan liitto

Osastopäällikkö Tom Frisk
Pirkanmaan ympäristökeskus

Yhteyspäällikkö Pekka Salminen
Tampereen ammattikorkeakoulu

Markkinointijohtaja Reijo Määttä
 

Itämeri-instituutin säätiön asiamies:

Pertti Paltila