Suomen Itämeri-instituutti pitää tärkeänä oman toimintansa jatkuvaa kehittämistä vastaamaan yhteistyökumppaneiden tarpeita ja intressejä. Henkilöstön osaamisen sekä työyhteisön sisäisten toimintatapojen ja yhteistyön kehittäminen ovat keskeisessä osassa, kun instituutti pyrkii strategisten tavoitteidensa mukaisesti parantamaan toimintansa tuloksellisuutta kansainvälisenä projektien kehittäjänä ja välittäjäorganisaationa.

Osana instituutin toiminnan kehittämistä käynnistyi helmikuussa 2011 Proactive Baltic Professional -kehittämisprojekti, jonka toteuttamista tukee Työsuojelurahasto.

Instituutin projektitoiminnan kehittämisestä ja kehittämisprojektin toteutuksesta vastaa varajohtaja Minna Hanhijärvi.