Suomen Itämeri-instituutti pitää tärkeänä oman toimintansa jatkuvaa kehittämistä vastaamaan yhteistyökumppaneiden tarpeita ja intressejä. Henkilöstön osaamisen sekä työyhteisön sisäisten toimintatapojen ja yhteistyön kehittäminen ovat keskeisessä osassa, kun instituutti pyrkii strategisten tavoitteidensa mukaisesti parantamaan toimintansa tuloksellisuutta kansainvälisenä projektien kehittäjänä ja välittäjäorganisaationa.

Osana instituutin toiminnan kehittämistä käynnistyi kesäkuussa 2009 Baltic Professional -kehittämisprojekti, jonka toteuttamista tukee työelämän kehittämisohjelma Tykes.

Instituutin toiminnan kehittämisestä, kehittämisprojektin toteutuksesta ja henkilöstöasioista vastaa apulaisjohtaja Minna Hanhijärvi.